С началом войны 1914 г. игумен Серафим учредил при Толгском монастыре лазарет для раненых. Как наместник, он деятельно участвовал в подготовке и проведении праздника 600-летия монастыря (август 1914 г.). Руководил торжествами архиепископ Ярославский и Ростовский Агафангел. Для устройства празднования был учрежден комитет под председательством епископа Рыбинского Сильвестра.

Обитель во главе с ее наместником в дни юбилея приняла множество богомольцев. Были устроены навесы для ночлега и раздача хлеба. Паломники бесплатно получали образки, брошюры и листочки духовного содержания.

В 1915 году отец Серафим был назначен настоятелем Угличного Алексеевского монастыря и возведен в сан архимандрита. Он помогал Владыке Агафангелу в управлении епархией.

В 1918 г. во время жестокой расправы властей над несколькими сотнями ярославских граждан он проявлял твердость и мужество».[1] «Толгский монастырь в это время стал базой восставших [белогвардейцев]. Через него осуществлялась связь с волостными центрами и деревнями уезда. Р. Балашов описывает операцию губчека по аресту офицеров, которые после подавления мятежа воспользовались покровительством монахов и укрылись в кельях и подвалах Толгского монастыря. «...В ночь с 5-го по 6-е августа монастырь был окружен отрядом красноармейцев и работников губчека. Чекисты скрытно пробрались во двор монастыря и проникли в жилые помещения. В одной из келий спящим был взят скрывавшийся под именем иеромонаха Варлаама начальник контрразведки Перхурова бывший полковник Некрасов. В другой келье арестовали его заместителя, бывшего полковника Гиляровского. Всего в монастыре чекисты обнаружили 12 офицеров перхуровского штаба. При обыске помещений было найдено несколько ящиков оружия, патронов, чистые бланки паспортов и деньги».[2]

«2 (15) февраля 1920 г. состоялась хиротония отца Серафима во епископа Угличского, викария Ярославской епархии. С июля 1922 г. епископ Серафим некоторое время находился в Ярославской тюрьме. До назначения 15 января 1924 г. временно управляющим Ярославской епархией временно управлял Харьковской епархией. 18 мая 1924 г. вновь был арестован. В 1924 г. Святейший Патриарх Тихон произвел его во архиепископа.

В 1925–26 гг. в связи с прибыванием Преосвященнейшего Агафангела в Нарымской ссылке архиепископ Серафим несколько месяцев руководил Ярославской епархией. Сохранился документ от 9 (22) марта 1926 г.: «Ответы управляющего Ярославской епархией, архиепископа Угличского Серафима (Самойловича) на три вопроса Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Нижегородского Сергия (Страгородского) по поводу „григорианского раскола“ и его деятелей. Владыка Серафим говорил об отсутствии у архиепископа Григория (Яцковского) и его единомышленников канонических прав возглавить Церковь: „в итоге получается явный раскол“. Архиепископ Серафим признает послание митрополита Сергия к архиепископу Григорию вызывающим восхищение в силу основательного понимания и психологически тонкого истолкования резолюции Патриаршего Местоблюстителя Петра от 19 января (1 февраля) 1926 года на докладе членов ВВЦС.»

Конец 1925 г. в архипастырстве Серафима был особо значим. Промыслом Божиим он был поставлен во главе нашей Церкви. Произошло это в сложнейший и напряженный период борьбы за сохранение преемственности руководства высшей церковной властью. Патриарший Местоблюститель митрополит Петр 23 ноября (6 декабря) 1925 г. за четыре дня до своего ареста сделал завещательное распоряжение: в случае невозможности ему осуществлять первосвятительскую деятельность в исполнение должности Заместителя Патриаршего Местоблюстителя должен вступить один из трех иерархов: митрополит Нижегородский Сергий (Страгородский), митрополит Киевский Михаил (Ермаков), архиепископ Ростовский (будущий митрополит) Иосиф (Петровых). Высокопреосвященнейший Михаил „совершенно отклонил от себя Наше поручение“.[3] В день ареста митрополита Петра 27 ноября (10 декабря) 1925 г. митрополит Сергий был на свободе и как первый кандидат принял на себя управление церковными делами. 25 ноября (8 декабря) 1926 г. он был арестован. В исполнение обязанностей Заместителя Патриаршего Местоблюстителя вступил митрополит Иосиф (Петровых), и в тот же день подписал Завещательное распоряжение, в котором передал первосвятительские права архиепископу Свердловскому Корнилию (Соболеву) или (в случае невозможности его приступить к своим обязанностям архиепископу Астраханскому Фаддею (Успенскому), или архиепископу Серафиму (Самойловичу), если его предшественник в списке кандидатов встретит препятствие к принятию возложенных на него обязанностей.

[1] Гумеров А., свящ. Житие архиепископа Серафима (Самойловича);

[2] Кидяров А. Е. Ярославский мятеж 1918 г. и православная церковь. II Романовские чтения;

[3] Условная резолюция Патриаршего Местоблюстителя, митрополита Петра (Полянского) от 1 февраля 1926 г., — «Акты Святейшего Тихона»;