Митрополит Сергий направил в Ярославль четыре дня спустя письмо на имя митрополита Агафангела, умоляя в нем «сохранить общение с нами, потерпев еще немного нашим немощам». Хотя послание было адресовано правящему архиерею, косвенно оно, несомненно, было обращено и архиепископу Серафиму и другим подписавшим «Обращение».

Из переписки митрополитов Агафангела и Сергия (25 марта (7 апреля) и марта 1928 г.) видно, что архиепископ Серафим был удален властями из Ярославской епархии. Из свидетельств современников можно убедиться, что он был арестован 17 февраля 1928 г. и выслан в Могилев, находясь в заключении в 6 верстах от города в Буйничьском Свято-Духовом монастыре.

29 марта (11 апреля) 1928 г. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий и Временный при нем Патриарший Священный Синод в «Постановлении» № 76 объявили прещения непринявшим Декларацию архиереям. Четвертый пункт касался архиепископа Серафима: «уволить от управления Угличским викариатством». Постановление № 110, которое предположительно датируется 17 (30) мая 1928 г. усиливает меры в отношении Владыки Серафима и бывшего Пермского архиепископа Варлаама (Ряшенцева): «предать их каноническому суду православных архиереев, запретить им временно священнослужение в Ярославской и Московской епархиях и потребовать от них в месячный срок подать письменное отречение от поданного ими заявления 24 января (6 февраля) с. г. и выразить послушание Заместителю Патриаршего Местоблюстителя и Временному при нем Патриаршему Священному Синоду».

Из Буйничского Свято-Духова монастыря Владыка Серафим направил послание митрополиту Сергию, которое до нас не дошло, по мнению современников оно содержит увещание и повторяет высказанные ранее убеждения.

Глубокоцерковный по духу человек, архиепископ Серафим, по-видимому, болезненно тяготился возникшим разделением с Заместителем Патриаршего Местоблюстителя. Есть сведения, что в мае 1928 г. он примирился с митрополитом Сергием.

В марте 1929 г. Владыка Серафим вновь был арестован в г. Могилеве и осужден на три года заключения в лагере. Начинается последний этап его жизни, исполненный страданий и гонений. Мужественное исповедничество заканчивается святым мученичеством.

Отбывал заключение архиепископ Серафим в Соловецком лагере, где его посылали постоянно на тяжелые общие работы. Поднимая кирпичи на постройку двухэтажного здания, архиепископ Серафим упал с лесов и переломал себе ребра, которые неудачно срослись, что сделало его инвалидом. Осенью 1930 г. он был отправлен на строительство Беломорканала. Протопресвитер М. Польский приводит рассказ узника, отбывавшего с ним заключение: «Тут я впервые увидел... работая лекпомом при приемке этапа, архиепископа Серафима — высокого согбенного старца, с уже остриженными под машинку №1 головой и лицом ... мы, лекпомы, старались помочь Владыке, страдавшем двухсторонним хроническим плевритом при декомпенсированном миокарде и общем артериосклерозе. Раз, в конце октября, в сырой ненастный день, проходя мимо землянки — дезокамеры, где производилась дезинфекция вещей при герметически закрытой двери, а заключенный инвалид караулил снаружи камеру, я услышал, что зовут меня по имени. Подойдя, я увидел продрогшего архиепископа Серафима, — „На эти посты ставят на 2 часа по очереди нас, инвалидов; я стою с 12 дня и меня не сменяют“ (Было около 6-ти часов вечера)».[6] Тот же свидетель рассказывает, что в марте 1932 г. Владыку освободили и направили этапом в ссылку в область Коми-зырян к северу от Вятки. «Он слабел телесно, но духом был тверд ... Больной — Владыка Серафим часто вспоминался мне в скитаниях по тюрьмам и ссылкам, когда лишенный физического общения с верующими, я мысленно в молитве поминал его; мне представлялось его кротко улыбающееся изможденное лицо и, склонив в молитве голову, я словно чувствовал на ней его исхудалую, огрубевшую, покрытую ссадинами архипастырскую руку».

В 1933 г. архиепископ Серафим вновь был осужден: 3 года ссылки. Но через год мера преследования ужесточилась. Он приговаривается к 5 годам лагеря. Заключение исповедник отбывал в лагерях. 9 ноября 1937 г. священномученик Серафим был расстрелян в лагере.

Закончилась святым подвигом необыкновенно чистая, светлая и нравственно цельная жизнь, от юности до последнего издыхания отданная Богу и людям.

Архиепископ Серафим был прославлен на юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви 2000 г. День памяти — 14 (27) ноября.

В книге Дм. Орлова «Ярославский первоклассный Толгский монастырь. 1314–1914 гг. (Историко-статистический очерк)» приводится фотография братии Толгского монастыря, выполненная около 1910 г., в период, когда монастырь возглавлял игумен Серафим. В первом ряду в центре — митрополит (будущий Святейший Патриарх) Тихон.

[6] М. Польский, протопресвитер, Новомученики российские.