Волей Божией Владыка Серафим стал заместителем Патриаршего Местоблюстителя, о чем он известил чад Церкви в «Послании» от 16 (29) декабря 1926 г. из Углича: «Подчиняясь воле Божией и принимая на свои слабые рамена возлагаемый на меня тяжелый Крест, считаю долгом обратиться к собратиям — епископам, пастырям и православно-верующим, умоляя их хранить преданность и послушание Св. Православной Церкви, подчиняясь только законным представителям Патриаршей Православной Церкви».

Архиепископ Серафим просит собратьев епископов до минимума сократить переписку и сношения с главой Церкви и предоставляет все дела, кроме принципиальных и общецерковных (как, например, избрание и хиротония во епископа), решать окончательно на местах.

В марте 1927 г. архиепископ Серафим был вызван Е. А. Тучковым в Москву и заключен во Внутреннюю тюрьму ОГПУ. Через три дня освобожден и выслан в Углич.

Владыка Серафим управлял Церковью до 30 марта (12 апреля) 1927 г. С освобождением из заключения митрополита Сергия, он передал ему свои заместительские права.

За короткий срок своего первосвятительства архиепископ Серафим проявил себя стойким исповедником и мужественным хранителем интересов святой Церкви от посягательств гнавшей ее власти. Из воспоминаний бывшего иподиакона владыки Серафима Михаила Николаевича Ярославского (последующее время они отбывали заключение в одном лагере) известно, что архиепископ Серафим отверг попытки вмешательства властей в церковные дела и отклонил предложенный состав ими Синода.[4]

Издание «Послания (Декларации) Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Нижегородского Сергия (Страгородского) и Временного при нем Патриаршего Священного Синода об отношении Православной Российской Церкви к существующей гражданской власти» (26 (29) июля 1927 г.) внесло в церковную жизнь разделения. Болезненное отношение оно вызвало и в Ярославской епархии. Митрополит Агафангел, архиепископ Серафим, митрополит Иосиф, архиепископ Варлаам (Ряшенцев), епископ Евгений (Кобранов) подписали обращение на имя митрополита Сергия. Указывая на превышение Заместителем Патриаршего Местоблюстителя канонических полномочий, иерархи выражали глубокое сожаление о избрании такого направления деятельности, при котором „начало духовное и Божественное в домостроительстве церковном всецело подчиняется началу мирскому и земному“. В заключении подписавшиеся архиереи выражают верность иерархическому подчинению Местоблюстителю Патриаршего Престола митрополиту Петру и объявляют о самостоятельном управлении Ярославской епархией.

В тот же день владыка Серафим направил митрополиту Сергию личное письмо. Сохранившийся текст является драгоценным документом, свидетельствующем о высоких христианских добродетелях бывшего заместителя Патриаршего Местоблюстителя.

Принципиально расходясь во взглядах с Заместителем Местоблюстителя, он сохраняет глубокое почтение к старшему собрату: «Мне ли, юнейшему сравнительно с Вами, писать эти строки, мне ли поучать многоопытного и многоученого Святителя Церкви Российской, но голос моей совести понуждает снова и снова тревожить Ваше широкое и доброе сердце». Письмо дышит любовью и к адресату, и к тем, кого глубоко огорчила Декларация: «Дорогой Владыка, я представляю, как Вы должны страдать! Почему же Вы испытывая эти страдания сами не желаете облегчить их тем, которые в свое время доверились Вам. С какой радостью я передавал Вам свои права заместительства, веря, что Ваша мудрость и опытность будут, содействовать Вам в управлении».[5]

Письмо обнаруживает высокий дух исповедничества Владыки. Он запечатлел его всей своей последующей страдальческой жизнью.

Наконец, в письме выражалась принципиальность автора. Он говорит о том, что Декларация лишает страдальцев за веру духовно-нравственного оправдания. То, что в ней было сказано не совсем явно, открыто было высказано в «Интервью с главой Патриаршей Православной Церкви в СССР...» (2 (15) февраля 1930 г.). На вопрос «Действительно ли существует в СССР гонение на религию и в каких формах оно проявляется?» было отвечено: «Гонения на религию в СССР никогда не было и нет».

[4] Воспоминания М. Н. Ярославского — «Надежда. Душеполезное чтение. Базель, 1994, вып. 18;

[5] Акты Святейшего Тихона;