В конце 1831 года скончался строитель Пельшемского Лопотова монастыря иеромонах Иосиф. Обряд погребения поручено было совершить иеромонаху Игнатию. 6 января 1832 года он был назначен на место умершего, а 14-го дано звание строителя, при чем возложен был на него набедренник.
Лопотов монастырь, был почти в разрушенном состоянии, так что предположено было его упразднить: церковь и прочие здания крайне обветшали, доходы были скудные, чувствовался недостаток в самом необходимом к продовольствию, а потому и братии было очень мало. Много надо было употребить трудов и забот, чтобы все исправить, обновить, пополнить скудость во всех отношениях. Новый настоятель не унывал; он принялся за дело с энергией. Вскоре потекли пожертвования от благочестивых жителей Вологды, чествовавших память преподобного Григория; монашествующие из тех монастырей, где проживал послушником строитель Игнатий, стали собираться в его обитель и в короткое время составили в ней братство до 30 человек. Богослужение приведено в надлежащий порядок: обитель и внешне и внутренне обновилась, сделалась неузнаваема против того положения, в каком принял ее строитель Игнатий.
Смягчилось сердце Александра Семеновича, когда он увидел молодого сына своего в таком сане, какой приличен старческому возрасту, следовательно, многое обещавшего впереди. Там, где не могла подействовать внутренняя, духовная сторона, взяла внешняя, и она вполне оказала благотворное влияние свое на Софию Афанасьевну. Строитель сын часто стал бывать в доме родителей: его могучему слову об истинах загробной жизни покорилось сердце матери, часто болевшей и чувствовавшей себя близкой к смерти. Мать напиталась духовными беседами сына; понятия ее изменились: из плотских сделались духовными; она благодарила Бога, что сподобил ее иметь первенца своего в числе Его служителей, тогда как прежде почитала это для себя великим несчастьем. Такая перемена с родительницей на пороге ее жизни несказанно радовала священноинока сына. Напутствованная его назиданиями и молитвами, София Афанасьевна мирно скончалась 25 июля 1832 года. Строитель Игнатий сам совершил обряд отпевания в храме села Покровского.
В Лопотовом монастыре строитель Игнатий имел утешение встретиться и опять соединиться по жительству с любимым своим другом Чихачовым. Чихачов сделался деятельным помощником строителя Игнатия по устройству обители; он обладал отличным голосом, знал хорошо церковное пение и составил очень хороший певческий хор, который немало содействовал к привлечению в обитель многих богомольцев. Настоятель Игнатий облек его в рясофор и руководил в духовной жизни.
Преосвященный Вологодский Стефан, видя неутомимые и полезные труды строителя Игнатия по возобновлению и благоустройству Лопотовой обители, возвел его в сан игумена 28 мая 1833 года; но болотистая местность Лопотова монастыря уносила последние остатки здоровья, а наконец совсем уложила его на одр болезни. Чихачов томился душой за своего настоятеля и, не видя никакого другого исхода бедственному положению, осмелился предложить ему свою мысль — переселиться из Лопотова монастыря куда-либо в другое место. Мысль эта была одобрена игуменом, и решено было ехать Чихачову на свою родину, в Псковскую губернию, хлопотать о перемещении их в один из тамошних монастырей. Напутствованный благословением своего настоятеля, отправился Чихачов в преднамеренный путь. Приехав в Петербург, он обратился к графине Анне Алексеевне Орловой-Чесменской, с которой незадолго прежде имел случай познакомиться. Анна Алексеевна радушно приняла Чихачова, дала ему помещение в своем доме, снабдила всем нужным и деятельно стала хлопотать о перемещении игумена Игнатия из Лопотова монастыря.
Чихачов, находясь в столице в кругу знатного общества, посещавшего графиню, намеревался уже возвратиться обратно в Лопотов монастырь, но графиня его удержала и советовала ему представиться Московскому митрополиту Филарету, который тогда находился в Петербурге. Чихачов явился на Троицкое подворье. Высокопреосвященный милостиво принял Лопотовского монаха и сказал: «Мне не безызвестны жизнь и качества игумена Игнатия», — и предложил тому настоятельское место в Николо-Угрешском третьеклассном монастыре своей епархии, если пожелает он туда переместиться, обещаясь потом доставить и лучшее. Чихачов поблагодарил милостивого владыку и осмелился выразить перед ним опасение, что игумену Игнатию неудобно будет самому проситься из Вологодской епархии, так как он пострижен лично Вологодским архиереем, который может оскорбиться таким поступком своего постриженца. «Хорошо, — сказал митрополит, — я сделаю предложение об этом в Синоде и надеюсь, что мне не откажут». На другой день был послан из Синода указ в Вологду к Преосвященному Стефану о перемещении игумена Лопотова монастыря Игнатия в Николо-Угрешский монастырь, куда, по сдаче своего монастыря, и предписывалось его немедленно отправить.
Преосвященный Стефан доброжелательно отнесся к этому событию. Чихачов, обрадованный столь успешным исходом своего ходатайства, отправился из Петербурга на родину в Псковскую губернию, чтобы навестить своих родителей. Здесь, вскоре по приезде, получает он письмо от графини Орловой-Чесменской, в котором она извещает его, что все события жизни игумена Игнатия и его самого дошли до сведения Государя Императора Николая Павловича и что Его Императорское Величество изволил вспомнить бывших своих воспитанников и приказал митрополиту Московскому вызвать игумена Игнатия не в Москву, а в Петербург, для личного представления ему, причем прибавил, что если Игнатий ему так же понравится, как и прежде, то он его митрополиту Филарету не отдаст. Высокопреосвященный Филарет, во исполнение этой Высочайшей воли, официальным письмом от 15 ноября 1833 года на имя Вологодского епископа Стефана, просил его как можно скорее отправить игумена Игнатия прямо в Петербург, а частным собственноручным письмом своим к игумену Игнатию требовал, чтобы он, нисколько не медля, прибыл к нему в Петербург на Троицкое подворье.
27 ноября игумен Игнатий сдал Лопотов монастырь своему казначею, а 30 ноября выехал в С.-Петербург. К этому времени возвратился туда и Чихачов, с нетерпением ожидавший приезда своего игумена. Приехав в столицу, игумен Игнатий немедля представился митрополиту Филарету, который приютил его на своем Троицком подворье, где и поджидал он времени, когда будет назначено ему явиться к Государю. В назначенный день и час игумен Игнатий представился Государю в Зимнем дворце. Государь обрадовался, увидев своего воспитанника, «а радость, — пишет Чихачов, — предстать любимому Царю, полнота благодарного чувства за все его монаршие милости доводили до благоговейного восторга теплую душу инока верноподданного». После некоторых объяснений Государь изволил сказать: «Ты мне нравишься, как и прежде! Ты у меня в долгу за воспитание, которое я тебе дал, и за мою любовь к тебе. Ты не хотел служить мне там, где я предполагал тебя поставить, избрал по своему произволу путь, — на нем ты и уплати мне долг твой. Я тебе даю Сергиеву пустынь, хочу, чтобы ты жил в ней и сделал бы из нее монастырь, который в глазах столицы был бы образцом монастырей». Затем он повел игумена на половину к Государыне Императрице Александре Феодоровне. Войдя к ней, спросил ее: узнает ли она этого монаха? На отрицательный ответ он назвал игумена по фамилии. Государыня очень милостиво отнеслась к своему бывшему пенсионеру и заставила благословить всех детей ее. По распоряжению Синода, игумен Игнатий был возведен в сан архимандрита, что исполнено было в Казанском соборе 1 января 1834 года, а 5 числа того же месяца новый настоятель выехал в свою обитель в сопровождении Чихачова и только что принятого в келейники 22-летнего юноши Иоанна Малышева, который впоследствии, через 23 года, сделался преемником своего старца в настоятельстве обители с саном архимандрита.
Местность Сергиевой пустыни в климатическом отношении не представляла даже тех удобств, какими обладал Лопотов монастырь. Береговая сторона Финского залива, волны которого разливаются в виду самой обители, никак не могла служить к восстановлению физических сил. В духовно-нравственном же отношении новое место жительства представляло гораздо более неудобств сравнительно с прежним; оно требовало сугубого духовного подвига, так как более было обстановлено тернием житейской молвы и суеты, которое неминуемо должно было уязвлять духовного человека. Только живая вера в Промысл Божий и добрая совесть в исполнении иноческого обета послушания, какое архимандрит Игнатий оказывал Царской воле, могли подкреплять его при вступлении на это новое поприще. Он вступал туда как истинный монах; враг личных интересов, он заботился единственно о благе вверенной ему обители. Как верноподданный и инок, он твердо решился в точности исполнить волю возлюбленного Монарха, сделав вверенную ему пустынь образцовой обителью во всех отношениях.