В Николо-Бабаевский монастырь Преосвященный приехал 13 октября 1861 года.

В первый год по прибытии Владыки Игнатия на Бабайки посетил его старинный друг М. Чихачов, и это свидание их было последним в жизни. Обоими признано было, что последнему не надо покидать своего места жительства Сергиевой пустыни, в которую он положил все свое состояние и пользовался в ней всеобщим уважением братства и теми удобствами, какие необходимы были для него в болезненной старости. В конце июня 1862 года приехал в Бабаевскую обитель на жительство родной брат Владыки П. А. Брянчанинов, испросив увольнение от службы с должности ставропольского гражданского губернатора, и поселился в монастыре на правах богомольца.

В мае 1862 года епископ Игнатий посетил Преосвященных: Платона в Костроме, Нила в Ярославле и Иринея в Толгском монастыре близ Ярославля; после этой поездки уже никуда не выезжал из монастыря, кроме прогулки в экипаже по окрестностям монастыря в хорошую погоду. В семь часов утра он пил чай, который признавал необходимостью, как средство, согревающее кровь, и говаривал: «Вот что значит старость, не напившись чаю и Богу неспособно помолиться». С 9 часов принимался за дела, или выходил к Литургии, или осматривал производящиеся работы; принимал посетителей, по большей части крестьян больных, пользовавшихся от Владыки медикаментами (гомеопатией). В исходе 12-го часа дня Владыка обедал. Стол его был простой, и кушал он очень умеренно. В 3-м часу кушал чай, к которому всегда призывал кого-либо из братии, и завершал угощение душеспасительной беседой. После вечерни, до 8 часов, принимал всех имевших к нему духовную нужду иноков и послушников, а также и посторонних посетителей. С 8 часов вечера Владыка запирался в своих келлиях; он спал обыкновенно не раздеваясь, на ночь надевал валяные сапоги, по причине болезни ног, издавна простуженных. Такова была обстановка келейной жизни Преосвященного Игнатия на Бабайках.

С приездом Преосвященного Игнатия в монастырь стечение народа к богослужениям значительно увеличилось; церковь Святителя Николая, вмещающая не более 600 человек, стала тесна, вся монастырская братия и окрестные жители стали выражать желание построить новый храм вместо пришедшего в опасное состояние соборного храма Иверской Божией Матери, шестипридельного, в четырех приделах которого уже воспрещено было отправлять богослужение, так как образовались большие трещины по всем направлениям каменных сводов. Явился жертвователь — подрядчик каменных работ, ярославский мещанин Федотов, обещавший всю каменную работу исполнить своими рабочими безвозмездно и дать на начальное действие 1000 рублей. Преосвященный вызвал из С.-Петербурга знакомого ему архитектора, профессора Академии художеств И. И. Горностаева, и передал ему свою величественную идею нового храма, которую тот осуществил в своем проекте.

Живя на покое в Бабаевской обители, свободный от служебных обязанностей, Преосвященный Игнатий все свободные часы своего дня отдал пересмотру и пополнению своих аскетических сочинений. Труды по напечатанию их принял на себя поселившийся при нем родной брат его Петр Александрович.

Книгопродавец-издатель И. И. Глазунов, старинный знакомец владыки Игнатия, вошел с ним в соглашение о напечатании всех его сочинений, принимая издержки издания на себя, и тем ввел Преосвященного в усиленное занятие пересмотром, исправлением, пополнением и приведением в одно целое всех статей, писанных им в разное время в сане архимандрита, а потом и епископа. Таким образом составились первые два тома под названием «Аскетические опыты», изданные в 1864 году; последние два: «Аскетическая проповедь» и «Приношение современному монашеству», состоящее в советах наружного поведения и духовного делания, напечатанные в 1867 году, перед самой кончиной Владыки. Пятый том, под заглавием «Отечник», содержащий изречения святых Отцов и повести из жизни их, издан также Глазуновым уже по кончине составителя.

Задолго до кончины своей Преосвященный Игнатий стал готовиться к ней и в разговорах своих часто касался распоряжений на случай смерти. За пять лет (в 1862 году) он сделал духовное завещание, засвидетельствованное 20 июля 1863 года в Костромской палате гражданского суда, коим все свои сочинения передавал в собственность и распоряжение брата своего Петра Александровича Брянчанинова. В августе 1864 года он говорил своему брату: «Матушка наша была также больна предсмертно, как и я; все на ногах, и аппетит был порядочный; а пришло время — в три дня болезнь покончила все дело. Прошу, когда я буду умирать, не вздумайте посылать за доктором, дайте мне умереть христианином, — не подымайте суматохи. О кончине моей родных не уведомлять и к похоронам их не ожидать, а, предав земле, тогда уведомите... Я тебе говорю вперед, чтоб ты знал и чтоб об этом в час болезни предсмертной не забыть и не заботиться. О том, как и где похоронить меня, ничего не говорю и не завещаю потому, что не желаю связывать действий ближних, за пределами моей жизни, и притом в том, что никогда почти не исполняется».

Наступил 1866 год, — печатались 3-й и 4-й тома творений Преосвященного Игнатия, его «Аскетическая проповедь» и «Приношение современному монашеству», или «Советы»; между тем физические силы его самого видимо упадали, так что приезжавшие из Петербурга для посещения его духовные дети поражались той переменой, какая представилась им при виде духовного отца, изнуренного болезнью и преждевременной дряхлостью. Несмотря, однако же, на такое падение физических сил, душевная бодрость не оставляла его. «Не бойтесь, — писал он одному из своих духовных чад, занимавшемуся корректурой издаваемых его сочинений, — я не умру до тех пор, пока не кончу дела своего служения человечеству и не передам ему слов истины, хотя, действительно, так ослабел и изнемог в телесных силах, как это вам кажется».

Зиму с 1866 на 1867 год Преосвященный Игнатий провел в заботах о приготовлении к печати избранных им изречений и повестей из жизни святых иноков, из которых составился 6-й том его творений, изданный уже по кончине его под наименованием «Отечник». С тем вместе он не оставлял продолжать и другие, частью начатые, частью пополняемые им, прежденаписанные статьи. В эту зиму он написал статьи «О терпении скорбей», «Об отношениях человека к страстям его», значительно пополнил «Разговор старца с учеником его о молитве Иисусовой».

Дни шли за днями, ничто внешне не изменялось. Окружающие привыкли видеть Преосвященного постоянно болящим, слабым в силах, но притом постоянно одетым, постоянно занятым работой за письменным столом или в молитвенном подвиге — и ничто конкретно не выражало близости кончины его; хотя он жаловался иногда на боль сердца, на болезнь ног и другие недуги, но все это проходило как явления временные и довольно обычные, не изменявшие нисколько порядка дневных занятий. Несмотря на разнообразные недуги, о которых сообщал он окружающим, — никто никогда не слыхал его болезненного стона. Он не раз говорил, что, заставляя себя не стонать в болезнях, он приучал себя претерпевать все находящее, а по обычаю Афонских подвижников, не раздеваясь ни днем ни ночью, до самого часа кончины, он как бы скрыл от окружающих этим внешним порядком жизни и самую опасность своего положения.

16 апреля 1867 года, в день Светлого Христова Воскресенья, совершив Литургию, Преосвященный так утомился, что с трудом довели его до келлий. Нужен был ему получасовой отдых, чтобы собраться с силами принять пищу. В этот же день объявил он окружающим, чтобы после вечерни никто его не беспокоил, ибо с этого часа дня он никого принимать не будет, объявив причиной этого распоряжения «необходимость свою готовиться к смерти».

На другой день, 17-го числа, день рождения Государя Императора Александра Николаевича, Преосвященный стоял Литургию в алтаре, но выходил служить благодарственный молебен, причем читал окончательную благодарственную молитву с таким сильным, глубоко благодатным выражением, что обратил общее внимание на это обстоятельство. Кто мог полагать, что это был последний выход Святителя из его келлий, — возвратившись в которые он уже более не выходил, хотя обычная жизнь его в трудах, в подвиге, в болезнях потекла неизменно обычной чредой.

21 апреля получены были присланные из Петербурга, только что вышедшие из печати 3-й и 4-й тома его творений. Преосвященный перекрестился и, дав славу Богу, не развернув, не посмотрев книг, приказал оставить их до приезда из Петербурга брата его Петра Александровича. Равнодушие это было совершенно противоположно заботливому и от природы деятельному характеру и прежнему вниманию Преосвященного к изданию его творений, на что он смотрел, как на обязательное исполнение долга своего. Нельзя не заметить при этом, что так как приезд его брата был обстоятельством совершенно неопределенным, то помянутым распоряжением Преосвященный совершенно устранял себя от дела, которое в естественном порядке было ему, как пастыреначальнику и автору, ближайшим из всех его земных дел. Около этого времени, объясняя архимандриту Иустину свое духовное состояние, он передавал ему, что потерял всякое сочувствие ко всему земному, потерял даже внимание ко вкусу пищи, причем прибавил: «Я недолго потяну». Любимому своему келейнику Василию Павлову он неоднократно повторял, что очень полезно просить Господа об извещении дня кончины. «Очень хорошо, — говорил он, если кого Господь известит о приближающейся кончине, только эти извещения бывают почти всегда не точно определяемы, ради того, чтобы человек пребывал в непрестанном страхе. Святитель Тихон молил Господа: «Скажи мне, Господи, когда я умру?» Ему и сказано было: «В день недельный», — но не сказано, в какой именно. Значит — и готовься на каждое воскресенье». 23 апреля, день воскресный, недели святого апостола Фомы, Преосвященный пролежал весь день на кровати по причине общего нездоровья. На другой день, в понедельник, он писал настоятелю Николо-Угрешского монастыря Московской епархии архимандриту Пимену, что он так слаб, что ждет смерти, — и далее говорит: «Вчера (в воскресенье) весь день пролежал, ждал смерти, а сегодня опять брожу».