Еще в Страстную седмицу Владыка сказывал, что у него был маленький удар, но так как он не оставил никаких следов болезненности, то обстоятельство это не возбудило никаких серьезных опасений. 25 апреля удар повторился. Архимандрит Иустин просил благословения послать за доктором, но Преосвященный с твердостью, в мирном и покойном настроении духа, сказал решительно: «Не надо! повторил несколько раз. — Мне так легко — хорошо!»
27-го, в четверг, Преосвященный просил одного из присных своих, иеромонаха Каллиста, потереть его сосновым маслом; по окончании натирания он просил прощения у Каллиста и сказал, что принял от него эту услугу в последний раз. На вопрос иеромонаха: «Разве ему не нравится масло?» — отвечал: «Нет, но дни мои сочтены».
28-го, в пятницу, после обеда, Преосвященный по обычаю лег отдыхать, но вскоре встал, приказал подать чаю. Келейник Василий, заметив необыкновенную красноту лица, спросил о причине. Владыка объяснил это следствием слабого удара, который хотя не произвел никакого особого повреждения, но он вообще чувствует себя настолько нехорошо, что ожидает смерти. При этих словах, поразивших юношу скорбью и ужасом, первая мысль его выразилась вопросом: «Как мне жить без вас, Владыко, — ведь нынче очень трудно?» — Владыко ответил: «Да, батюшка, очень, очень трудно, так трудно, что ты себе и представить не можешь; и я думал о тебе и предал, как себя, так и тебя, воле Божией». — Архимандрит Иустин сказывает, что еще в начале прошлой зимы, по поводу разговора о лице, подвергшемся параличному удару, Владыка сказал: «И я умру ударом». Архимандрит начал было возражать, говоря, что при его телосложении, худобе и образе жизни это невероятно, но Владыка, кратко подтвердив свои слова, переменил разговор. — К вечеру в пятницу Владыка успокоился и приказал на субботу приготовить ванну, но, встав поутру довольно бодрым, говорил, что ему лучше, и прибавив: «А вчера чуть не умер», — отменил распоряжение о ванне, сказав: «Уж не нужно».
В эти последние дни жизни своей Преосвященный был воодушевлен ко всем необыкновенной милостью, как бы растворенной жалостью. Эта милость и с ней неземная радость сияли на лице болящего. В один из этих последних дней Владыка, прощаясь с келейником своим, ответил на его поклон и прощание благоговейным поклоном до земли, сказав: «Ты меня, батюшка, прости». Полный благолепного смирения вид старца тронул келейника до слез. В эти дни не раз говорил ему Владыка, что «ему трудно низводить ум к земным занятиям», и, уклоняясь от общения со всеми, он, видимо, уже не жил на земле.
30 апреля, в воскресенье, недели Жен Мироносиц, к 7 часам утра, келейник Василий, войдя в спальную Преосвященного, нашел орлец не убранным пред иконами, что случалось очень редко — большей частью Преосвященный, всегда употреблявший его при келейном правиле, сам убирал его. Умывшись, он, по обычаю, выпил Богоявленской воды и вышел в столовую комнату пить чай, приказав Василию скорее убрать спальную. Выпив две чашки чаю, он поспешил в свою внутреннюю келлию. В исходе 8-го часа, перед самым благовестом к поздней Литургии, Василий, войдя к нему с обычной молитвой, нашел его лежащим на кровати на левом боку, лицом к стене. Видя, что Владыка, всегда очень чуткий, не обращает внимания на вход его, келейник сначала приписал это особенно углубленному молитвенному деланию, что иногда с ним случалось. Постояв несколько, Василий повторил молитву, но — ответа не было. Вглядываясь пристальнее, он заметил, что рука Владыки покрыта смертной бледностью; подошел ближе и убедился, что Владыка уже скончался. Голова его, лежавшая на подушке, была несколько наклонена вперед, ладонь левой руки воздета кверху, как бы в молитве, правая рука, опущенная вдоль тела на кровать к стороне стены, лежала близ раскрытого Канонника. Вообще благообразное положение тела было причиной, что келейник не мог скоро решиться признать его уже отшедшим в вечность. Смерть, придя к Святителю Христову, нашла ум его занятым молитвословием; начав оное на земле, он был призван к бесконечному славословию Бога — на Небо.
Лицо почившего Епископа, по перенесении тела на стол, сияло радостью светлой, неземной. На левом виске заметна была синяя жилка, спускавшаяся около уха по щеке полоской красноватого цвета, — вероятно, след пути, которым смерть вошла в тело.
Беседуя с одним из близких ему учеников о заповедях евангельских, сказал Святитель Игнатий: «Всякая явная добродетель — не моя добродетель, по учению Самого Господа, заповедовавшего всякое евангельское добро делать втайне». И точно, все величие всежизненного подвига его, в его неописанном объеме, осталось тайной его душевной клети, исповеданной и открытой, насколько то возможно было, в его сочинениях, но в полноте своей ведомой единому Богу. Этой таинственностью, отличительной чертой всей земной деятельности своей, по точному смыслу евангельских заповедей, запечатлел Преосвященный Игнатий и свой конечный, предсмертный подвиг. Сближая его поведание келейнику об извещении свыше Святителя Тихона о дне его кончины «в день недельный» с письмом Преосвященного к архимандриту Пимену, что он все Фомино воскресенье пролежал, ожидая смерти, и наконец, в день кончины (воскресенье) приказание его келейнику поспешить скорейшей уборкой его спальни, наводят на мысль, что и ему был открыт день его кончины и определен, подобно как и Святителю Тихону, «днем недельным».
Трое суток стояло тело епископа Игнатия в кельях его, неизменно сохраняя светлое выражение лица, затем оно было перенесено в соборную монастырскую церковь Святителя Николая. По миновании 6 суток, 5 мая, в пятницу, совершена была заупокойная Литургия и отпевание Преосвященным Ионафаном, епископом Кинешемским, викарным Костромским. По его распоряжению отпевание совершалось по чину служения пасхального; по окончании отпевания он произнес надгробное слово и простился с почившим, за ним прощалось духовенство, сослужащие, монастырское братство и все присутствовавшие, во главе их начальник Костромской губернии Т. С. Дорогобужинов. Затем тело в открытом гробе было обнесено с крестным ходом кругом церкви Святителя Николая и внесено в больничную монастырскую церковь Святителя Иоанна Златоустого и преподобного Сергия Радонежского, где после обычной литии закрыли крышу, и гроб был опущен в склеп за левым клиросом.
По общему отзыву, отпевание усопшего произвело на всех впечатление скорее церковного торжества, чем печального обряда. Ученики Владыки припоминали его слова: «Можно узнать, — говорил он, — что почивший под милостию Божией, если при погребении тела его печаль окружающих растворена какою-то непостижимою отрадою».
Хотя все предшествовавшие погребению дни собрание народа было довольно значительно, но в день погребения, несмотря на разлив Волги, затруднявший переправу в монастырь заречным жителям, стечение народа было до 5 тысяч человек.
Блажени, яже избрал и приял еси, Господи!
Память их в род и род!