Обитель в момент передачи Церкви находилась в состоянии крайней заброшенности. Большая часть построек — замечательные памятники русской архитектуры пребывали в аварийном состоянии. Почти полностью были утрачены настенные росписи, декоративная керамика, разрушены иконостасы. Частично сохранившиеся стены давали лишь смутное представление о когда-то величественном монастырском ансамбле. Предстояло приступить к работе, грандиозной по своим масштабам.

С помощью Божией, вопреки трудностям, восстановительные работы начались, стали собираться и первые насельницы, которых не устрашила временная неустроенность монастырского быта.

26 мая 1988 года возрождающаяся Толгская обитель праздновала особое радостное событие — обретение и перенесение честных мощей великого подвижника, религиозного мыслителя и духовного писателя XIX века — святителя Игнатия (Брянчанинова). Милостью Божией честные мощи «Отца современного иночества» почивают в обители по сей день.

29 июля 1988 года во вновь освященной Спасской церкви была впервые отслужена праздничная Божественная литургия архиерейским чином. Народ горячо молился, чтобы Господь послал восстанавливающейся обители Свои великие и богатые милости. Молящиеся на этой службе ощущали живое единение со всеми, кто своими трудами приблизил день этого светлого торжества.

Знаменательное событие в жизни возрождающейся обители отмечено 25 сентября 1988 года. За Божественной Литургией в Спасском храме благочинная монастыря монахиня Варвара (Третьяк) Высокопреосвященнейшим Платоном Архиепископом Ярославским и Ростовским была возведена в сан Игумении.

По назначении на Толгу игумения Варвара с первых же дней начала поднимать монастырь из руин. За короткий срок оборудовано отопление, подведены водопровод, канализация, организованы столярная и слесарная мастерские, газовая котельная, гараж, отреставрированы или заново возведены каменные хозяйственные строения и кирпичные келейные здания, устроены овощехранилища, налажена работа трапезной, оборудован медицинский кабинет. «То, что казалось безвозвратно ушедшим, оживает вновь. Это чудо...», — можно прочитать в книге почетных гостей.

Сейчас Толгский монастырь по всей справедливости может быть отнесен к числу благоустроеннейших российских обителей.