Пребывание Димитрия Александровича и его товарища в Оптиной пустыне далеко было не таково, как в Площанской. Настоятель смотрел на них неблагосклонно, братия относились не совсем доверчиво. Приходилось много скорбеть им при уединенном образе жизни; самая пища монастырская, приправленная постным маслом дурного качества, вредно действовала на слабый и болезненный организм Димитрия Александровича. Они решились сами для себя изготовлять пищу; с немалым трудом выпрашивали круп или картофеля и варили похлебку в своей келлии; ножом служил им топор; готовил пищу Чихачов. Такая трудная и неблаговидная обстановка, конечно, не могла долго продолжаться: изнурительная слабость телесных сил была последствием ее для того и другого. Сперва пострадал от нее Димитрий Александрович, настолько, что не мог держаться на ногах; за ним ухаживал Чихачов, который был крепче его телосложением; но вскоре свалился и он, пораженный лихорадкою. Тогда за больным товарищем ухаживал Димитрий Александрович; он хотя усердно исполнял это служение, но тут же сам падал от конечного изнеможения.

Мать Димитрия Александровича была больна. Болезнь — предвестница смерти — обыкновенно изменяет расположение человеческого сердца. София Афанасьевна простила в душе поступок своего сына; материнское чувство заговорило в ней; она пожелала видеться с сыном. Александр Семенович под влиянием этого обстоятельства сам смягчился и написал сыну, что не будет препятствовать его намерениям: пусть он приедет к матери; и одновременно с письмом прислал за ним крытую бричку. Димитрий Александрович поспешил к родителям. Он отправился вместе с больным товарищем своим Чихачовым, так как Александр Семенович был столь внимателен, что не забыл пригласить и того. Но встреча в доме родительском была далеко не такова, какую обещало приглашение. Больная родительница Брянчанинова несколько поправилась здоровьем, и мирное чувство, внезапно явившееся в отце по поводу угрожавшего обстоятельства — болезни жены, — исчезло. Он принял сына холодно. Мать, хотя и была приветлива, но обошлась со сдержанностию.

Молодые люди расположились под мирским кровом в отдельном уединенном флигеле дома с намерением продолжать свои иноческие подвиги, обращаясь за духовными потребностями к местному сельскому священнику, считая свое пребывание здесь только временным. Но не так думал Александр Семенович. Он обратился к прежней своей мысли возвратить сына к мирской жизни и всеми мерами стал склонять его к поступлению на государственную службу; взоры родных и знакомых обращались к нему с тою же мыслию; мать, хотя внимала иногда учению сына о душеспасении и других высоких истинах христианской жизни, но не имела столько самостоятельности, чтобы отдаться вполне его внушениям. Вращающиеся пред глазами соблазны смущали подвижников; шумная толпа нарушала их безмолвие. Молодые люди стали тяготиться своим пребыванием среди мирян и помышляли о том, как бы им скорее выбраться из светского общества, несовместного с монашеством, и водвориться опять где-нибудь в монастыре. Проживя начало зимы 1829 года в селе Покровском, в следующем 1830 году, в феврале месяце, отправились оба друга искать себе удобного приюта в стенах монастыря; они направили путь свой в Кирилло-Новоезерский монастырь. В это время там жительствовал на покое архимандрит Феофан, знаменитый своею святою жизнию и примерным управлением обителию, а настоятельствовал игумен Аркадий, его присный ученик и подражатель его образа правления. О. Аркадий отличался простотой нрава; он провидел в двух молодых пришельцах дух истинного монашества и с любовию принял их в свою обитель. Но недолго радовались друзья новому месту жительства: неумолимая природа доказала им, что человек состоит не только из души, но и тела. Новоезерский монастырь расположен на острове обширного озера. Сырой климат от испарения воды наделяет жестокою лихорадкою непривычные и слабые организмы. Вскоре почувствовал его вредное влияние Димитрий Александрович; он заболел лихорадкою и три месяца испытывал ее мучительные симптомы без всяких медицинских пособий. Под конец у него стали пухнуть ноги, так что он не мог вставать уже с постели. В июне, когда лихорадка особенно там свирепствует, родители прислали за сыном экипаж, чтобы привезти его в г. Вологду. Тяжело было это время для Димитрия Александровича: он вынужден был возвратиться опять туда, откуда хотел спастись бегством. В Вологде Димитрий Александрович поместился у своих родных и стал пользоваться медицинскими средствами от мучившей его лихорадки, которая так глубоко проникла в его организм, что оставила свои следы на весь остальной век. Чихачов, также пострадавший от климата Новоезерской обители, отправился в Псковскую губернию для свидания со своими родителями 13 августа того же 1830 года. Друзья расстались, чтобы каждому отдельно испытать свои силы в борьбе со стихиями мирской жизни.

Рука Промысла, доселе невидимо покрывавшая бесприютного скитальца, коснулась сердца Преосвященного Стефана, епископа Вологодского: архипастырь проник душевные стремления молодого Брянчанинова и расположился к нему. Преосвященный Стефан так полюбил Димитрия Александровича, что принял в нем самое живое участие, и эта любовь владыки была видимым знаком благоволения Божия к жертве сердца, которую приносил новый Авель: она возвещала благоприятный исход всех понесенных на пути к иночеству испытаний, потому что архипастырь держал в руке своей тот лавр, которым надлежало повить голову юного борца, измученного в брани с миром, плотью и диаволом. Оправившись от болезни, Димитрий Александрович не хотел возвратиться к родителям, а по благословению владыки поместился в Семигородной пустыне. Местность этой обители благоприятствовала восстановлению его здоровья; он с новой ревностью предался своим обычным духовным занятиям: богомыслию и молитве в тишине келейного уединения. Здесь написал он свой «Плач инока», в котором выразилось печалующее состояние души, усиленно стремящейся к Богу, но разбитой треволнениями жизни, вследствие чего уделом ее стал только плач на развалинах ее стремлений. Недолго пожил Димитрий Александрович и в Семигородной пустыне; вскоре, 20 февраля 1831 года, он был перемещен, по его просьбе, Преосвященным в более уединенный, пустынный Глушицкий Дионисиев монастырь, где и зачислен послушником. К этому времени относится первое знакомство Преосвященного Игнатия с бывшим настоятелем Николо-Угрешского монастыря архимандритом Пименом.

Между тем родитель Димитрия Александровича и во время пребывания его в Глушицком монастыре не переставал выражать желание исполнения своих требований: он настойчиво добивался того, чтобы сын оставил монастырскую жизнь и поступил в государственную службу. Тогда новоначальный послушник стал просить архиерея оказать ему милость и, ввиду семейных обстоятельств, поспешить постричь его в монашество. Преосвященный, зная хорошо духовное настроение Брянчанинова, решился исполнить его просьбу. Исходатайствовав разрешение Святейшего Синода, он вызвал Димитрия Александровича из Глушицкого монастыря в Вологду и велел готовиться к пострижению; вместе с тем он приказал ему хранить это в тайне от родных и знакомых, чтобы избежать каких-либо притязаний со стороны их, могущих воспрепятствовать делу, так как намеревался постричь его неожиданно для всех. Стеснительно было такое положение в столь важное время: готовящийся к пострижению вынужден был остановиться на постоялом дворе и среди мирской волны приготовляться к великому обряду.

28 июня 1831 года Преосвященный Стефан совершил обряд пострижения Брянчанинова в малую схиму в кафедральном Воскресенском соборе и нарек Димитрия Игнатием в честь священномученика Игнатия Богоносца, память которого празднуется Церковью 20 декабря и 29 января. Инок Игнатий сначала в первый, потом в последний из этих дней праздновал свое тезоименитство. Это имя Игнатия указывает еще на преподобного Игнатия — князя, Вологодского чудотворца, мощи которого почивают в Прилуцком монастыре, где покоятся мощи и преподобного Димитрия Прилуцкого — Ангела новопостриженного инока от Крещения. Таким образом, произведена над ним перемена имен двух чудотворцев, почивающих в одной обители. С именем одного, данным при Крещении, соединено воспоминание об обстоятельствах рождения, а имя другого наречено при пострижении, как бы в ознаменование сходства земной участи новопостриженного — с преподобным из княжеского рода. Родные Брянчанинова, прибывшие 28 июня в собор к богослужению, были крайне изумлены неожиданным священнодействием, зрителями которого они сделались. 4 июля того же года инок Игнатий был рукоположен Преосвященным Стефаном в иеродиакона, а 25 того же месяца — в иеромонаха, и временно оставлен при архиерейском доме, который в Вологде находится при кафедральном соборе, в одной с ним ограде, образуемой стенами Кремля времен царя Иоанна Грозного. Для обучения священнослужению новорукоположенный был приставлен к городской церкви Спаса Обыденного под руководство священника Василия Нордова, впоследствии протоиерея и настоятеля Вологодского кафедрального собора.