Сергиева пустынь, основанная в 1734 году и расположенная близ самого Петербурга, немного в сторону от нынешней Петергофской железной дороги, находилась под управлением викарных епископов. Такое административное положение далеко не благоприятствовало ее материальному состоянию, а близость столицы делала ее перепутьем для проезжающих столичных жителей, что весьма невыгодно влияло на духовный быт братства обители. Здания монастырские, начиная с церкви преподобного Сергия до последних монастырских служб, были давно запущены. В церкви, когда приступлено было к ее поправке, оказались годными только одни стены; согнивший внутри настоятельский корпус почти не существовал, он стоял запертым и не мог быть отапливаем; помещения новоприбывшему настоятелю вовсе не было, и он принужден был остановиться в инвалидном доме, устроенном при монастыре на иждивение графов Зубовых и состоящем на их содержании. Там ему отведены были две комнаты, в которых он и поместился с восемью человеками братии, собственно монахов; все найденное им до него бывшее братство обители состояло из тринадцати человек: восьми монашествующих, трех послушников и двух подначальных. Несмотря на такое незначительное число братии, в среде их не было порядка, приличествующего монастырю. Запущенность в материальном, распущенность в нравственном отношениях царили во всей силе. В таком положении застал Сергиеву пустынь новый настоятель. Обитель требовала такого настоятеля. Судьбами Промысла, или молитвами преподобного Сергия, через сто лет от основания началось ее восстановление, как вещественное, так и духовное. Представительная личность настоятеля, его аскетическая духовность соответствовали положению обители и тому назначению, с каким он принял ее. Но труды и заботы по внешнему возобновлению и благоустройству и отношения всякого рода к высшим и низшим положили печать свою на болезненного и строгоподвижного инока. По собственному его признанию, скорби от человеков, постигавшие его доселе, были «умеренные».

Из этого очерка вступления о. архимандрита Игнатия в новую обитель видно, что его настоятельская деятельность с самого начала должна была делиться на две отрасли: по внешнему устройству и внутреннему благочинию. Первым делом настоятеля было возобновление храма преподобного Сергия и капитальное исправление корпуса настоятельских келлий. Первой заботой настоятеля по внутреннему духовному благосостоянию обители было установление во всем строгого порядка, согласно монастырским уставам: церковное богослужение стало совершаться в стройном чине, с величием и торжественностью, которые дополняли привлекательное хоровое пение, внятное чтение, чинное стояние, поклонения по положению и вообще благообразные движения, благочинное пребывание в трапезе, весьма приличная одежда; а опрятность и чистота во всем придавали всей обстановке вид изящества, соединенного с простотой, которые облагораживали самые нравы иноков. Настоятель вникал в келейную жизнь каждого, настраивал к спасительному препровождению времени в чтении монашеских книг, к несению посильных трудов по послушаниям, проводил дух истинного монашества в братство, располагая всякого ко вниманию, к принятию совета и назидания в нравственной жизни, к устроению себя по руководству святоотеческих писаний. Он сообщал братству свой образ мыслей и взгляды на монашество, был отцом и наставником всех, принимая к себе на откровение помыслов, для созидания и настроения духовного. Двери келлии о. Архимандрита были открыты; к нему входили свободно от престарелых монахов-священнослужителей до юных послушников, вследствие чего все братство стало составлять одну великую семью, управляемую одним отцом, связанную союзом согласия и духовного единения, одушевляемую и руководимую высоким учением отца-наставника.

Любовь к служению иночеству собственным примером и писаниями не сама собой возгорелась и пламенела в архимандрите Игнатии: он веровал в призвание свое Свыше к этому служению и относился к нему, как к Божественному делу, стараясь усугублять данный ему талант; а потому такая любовь в нем торжествовала над всеми превратностями жизни. Тщась раскрыть сущность монашеского жительства, архимандрит Игнатий подвизался олицетворить в себе самом и живописью слова изобразил другим духовную красоту нравов древнего египетского монашества, которое было идеалом его жизни. Иночествование, по учению и примерам святых Отцов, преимущественно египетских, было с детства заветной его мыслью. Способностью принимать исповедь помыслов, что составляет весьма редкое явление в наше время, архимандрит Игнатий обладал в совершенстве; многосторонняя опытность, глубокая проницательность, постоянное и точное самонаблюдение делали его искусным в целении душевных струпов, к которым он всегда прикасался самым тонким резцом духовного слова. Умея владеть собой во всяких случайностях жизни, не падая духом в самых стеснительных обстоятельствах, он сообщал ту же твердость и тем, которые исповедовали ему свои помыслы: угнетавшая печаль после исповеди у него казалась им пустым призраком.

Зиму 1846 года архимандрит Игнатий пробыл безвыходно в келлии по причине тяжкой болезни, а с наступлением весны 1847 года он подал прошение о сложении с него настоятельской должности и увольнении на покой в Николо-Бабаевский монастырь Костромской епархии. Вместо увольнения на покой ему разрешен был только 11-месячный отпуск для поправления здоровья в указанный им Бабаевский монастырь. По отъезде архимандрита в этот отпуск, Государь Император, встретив однажды Чихачова, спросил о здоровье его товарища и приказал написать ему, что нетерпеливо ожидает его возвращения.

Летом 1847 года архимандрит Игнатий прибыл в Николо-Бабаевский монастырь, где и занялся серьезным лечением. Ему отведены были келлии, состоявшие из четырех маленьких комнат, в отдельном мезонине над келлиями настоятеля. Помещение это, разобщенное с прочим жильем, весьма удобно было для безмолвия. С одной стороны из окон келлии открывался величественный вид обширной местности, орошаемой рекой Волгой, и представлял усладительное зрелище для отшельника в минуты отдохновения. Через 11 месяцев, в 1848 году, архимандрит Игнатий возвратился в Сергиеву пустынь. Продолжительное безмолвие в пребывании уединенном, на Бабайках, расположило его еще более к совершенному отшельничеству, к которому он постоянно стремился.

В 1856 году скончался С.-Петербургский митрополит Никанор; назначенный на его место митрополит Григорий хорошо знал архимандрита Игнатия и даже состоял с ним в духовно близких отношениях, а потому в видах пользы для Церкви Божией предложил ему епископскую кафедру в Ставрополе Кавказском. По получении Высочайшего соизволения 23 октября 1857 года происходило в Святейшем Синоде наречение архимандрита Игнатия во епископа Кавказского и Черноморского, а 27-го — самая хиротония в Казанском соборе при весьма многочисленном стечении народа. На другой день новопоставленный епископ совершил Литургию в Лаврской Крестовой церкви и затем три дня следующего месяца провел в Сергиевой пустыне. 2 ноября посетила пустынь Великая Княгиня Мария Николаевна — «чтобы проститься с епископом Игнатием», как она изволила выразиться. 3 ноября, в воскресный день, епископ Игнатий отслужил в пустыне Божественную литургию, участвовал в общей братской трапезе и, простившись со всеми, окончательно оставил Сергиеву пустынь. Он переехал в Невскую Лавру.

Прожив в Сергиевой пустыне без двух месяцев двадцать четыре года, епископ Игнатий оставил ее в весьма цветущем состоянии. В его управление обитель украсилась тремя новыми великолепными храмами.

Из воспитанников по монашеству архимандрита Игнатия Брянчанинова Сергиева пустынь дала шестнадцать настоятелей: десять архимандритов, пять игуменов и одного строителя.